Ngày 1 tháng 1 năm 1959, để yểm trợ tài chính và kỹ thuật cho các hoạt động biệt kích tại Việt Nam, với sự đồng ý của Tổng thống Diệm, bộ phận CIA tại Việt Nam, dưới vỏ bọc "Nhóm Nghiên cứu hỗn hợp" (Combined Studies Group) thuộc Tòa đại sứ Hoa Kỳ tại Sài Gòn, đã phối hợp với Sở Liên lạc thành lập 3 trung tâm huấn luyện biệt kích tại Long Thành (Biên Hòa), Mỹ Khê (Đà Nẵng) và Phú Bài (Huế). Mặc dù trên danh nghĩa, các trung tâm này do Sở Liên lạc phụ trách, do Trung tá Lê Quang Tung và Thiếu tá Lê Khắc Kính làm Giám đốc và Phó giám đốc, tuyển mộ các quân nhân của Quân đội Việt Nam Cộng hòa, nhưng thực chất mọi hoạt động chỉ đạo và điều hành đều do các cố vấn trưởng là Đại tá Smith và Đại tá Bell chỉ huy.[2]

Bấy giờ, tổ chức Sở Liên lạc gồm những bộ phận sau:

• Phòng 35: đặc trách công tác huấn luyện, thanh tra, tổ chức và chỉ huy các hoạt động hành quân...
• Phòng 45 (còn gọi là Phòng E hay Sở Bắc): đặc trách tổ chức các hoạt động thu thập thông tin tình báo chiến lược tại miền Bắc, sau mở rộng ra cả Campuchia và Lào.
• Phòng 55 (còn gọi là Sở Nam): đặc trách tổ chức các gián điệp bí mật tại miền Nam trong trường hợp những người Cộng sản kiểm soát được miền Nam, sau mở rộng phạm vi tổ chức các hoạt động biệt kích trên lãnh thổ Việt Nam Cộng hòa.
• Phòng 65: đặc trách an ninh quân đội, phụ trách phản gián trong quân đội Việt Nam Cộng hòa.
• Phòng 75: đặc trách công tác quản lý, thu thập và lưu giữ hồ sơ cùng những tài liệu mật có liên quan đến các hoạt động của Sở Liên lạc.
• Phòng 85: đặc trách công tác quản lý tài chánh và hành chánh.
• Phòng 95: đặc trách công tác liên lạc cũng như tổ chức và huấn luyện chuyên viên truyền tin.

Bên cạnh các phòng chuyên môn trên, còn có các toán biệt kích, tổ chức thành một đơn vị ngụy trang dưới tên gọi Liên đội quan sát số I.[2]. Đơn vị về sau được nâng lên cấp Liên đoàn, tương đương quy mô cấp Trung đoàn.

Đa số nhân viên Sở Liên lạc là người gốc miền Bắc. Sở do Cố vấn Ngô Đình Nhu trực tiếp chỉ đạo, các sĩ quan Việt Nam chỉ huy, riêng các hoạt động biệt kích đều do các cố vấn Mỹ trực tiếp quản lý, điều hành và huấn luyện[2].

Tháng 4 năm 1960, Sở Liên lạc được đổi tên thành Sở Khai thác Địa hình. Tuy nhiên, chức năng, tổ chức và nhân sự của cơ quan này vẫn không có gì thay đổi.